Auf der Suche nach dem geheimnisvollen „Paradies“ haben Maru und Kiruko Tokyo erreicht. Doch bevor sie ihre Suche fortsetzen können, müssen sie in den Ruinen der zerfallenen Stadt erst einmal ihr eigenes Überleben sichern.

In der immergrünen Institution, in der Tokio aufwächst, breitet sich derweil eine mysteriöse Krankheit aus. Tokio und die anderen Kinder schweben in höchster Gefahr …