Im Kampf gegen die gefährlichen Gauna hat das Raumschiff Sidonia heftige Verluste erlitten. Hoshijiro, eine talentierte Mechapilotin, ist im Kampf gefallen. Doch Tanikaze, den seit der letzten Mission ein enges Band mit Hoshijiro verbunden hatte, bleibt keine Zeit zu trauern. Denn als die Feinde erneut angreifen, steht er plötzlich einem Gauna gegenüber, der seiner Freundin verblüffend ähnlich sieht …