Tokyo, 2030. In letzter Minute hat Akira die amoklaufende Androidin Elmira aufgehalten und die Sonderzone Yokosuka gerettet. Doch nach seinem gewagtem Hacking-Angriff steht die Anti-Ex-Arm-Abteilung unter internationalem Druck. Um Akira zu schützen, bleibt Minami, Alma und ihren Kollegen nichts anderes übrig, als in die virtuellen Tiefen von Akiras Erinnerungen einzudringen …