Nach den Ereignissen von STAR TREK INTO DARKNESS, begibt sich die U.S.S. Enterprise auf eine neue fünf Jahre währende Mission zur Erforschung des Weltraums. In der Zwischenzeit haben jedoch Überlebende der Sternenflottencharta Sektion 31 auf einen Krieg zwischen dem Romulanischen Imperium und dem Klingonischen Reich hingearbeitet – in der Hoffnung, dass sich der Konflikt zu Gunsten der Föderation auswirkt. Doch die Enterprise droht zwischen die Fronten zu geraten ...