Nach sieben harten Jahren im Delta-Quadranten sind Janeway und ihre Crew endlich zurück. Zu Hause sind sie wieder mit ihren Familien vereint und die Crew beginnt sich zu trennen.

Der Sternenflottengeheimdienst hat den Verdacht, dass ein Maulwurf – ein Agent des Orion-Syndikats – die fortschrittliche Technik der Voyager stehlen und verkaufen will. Dummerweise beginnt eine Rebellion der Hologramme, wodurch der Doktor unschuldig als Hauptverdächtiger gilt, weil er seinen zweiten Roman verfasst, in dem er über den Kampf der Hologramme gegen die Menschen schreibt.

Zur gleichen Zeit bricht auf der Erde eine Borg-Seuche aus, die sich wie ein Schnupfen verbreitet. Verzweifelt wird nach der Ursache der Seuche gesucht, und der Verdacht fällt auf die Crew der Voyager.